目前使用最多的操作系统是Unix和微软的Windows2000。两者各有所长。对客户来说，选择操作系统实际上就是选择编程语言，即使用ASP和ASP.NET的客户选择Windows2000，而使用PHP语言的客户则选择UNIX系统。至于使用CGI程序的客户，２者都可以选择，不过建议选择后者。UNIX操作系统，它源自美国加州大学伯克利分校，它们都是业界公认的最好的Internet服务器操作系统。